Die Affinität ist in der Biochemie ein Maß für die Bindungsstärke zwischen den Bindungspartnern bei Protein-Ligand-Wechselwirkungen: Je höher die Affinität, desto größer die Assoziationskonstante, Ka (auch Bindungskonstante genannt).
In der Chemie bedeutet Affinität (von lateinisch affinitas = Verwandtschaft) die Triebkraft einer chemischen Reaktion, nämlich das Bestreben von Ionen, Atomen oder Atomgruppen, eine (kovalente) Bindung einzugehen (Reaktionsaffinität). Konkurrieren zwei Metallionen um Sauerstoff, spricht man von Sauerstoffaffinität. Beruht hingegen eine Bindung allein auf elektrostatischer Anziehung der Bindungspartner, spricht man von Bindungsaffinität.
Der Ausdruck Affinität kann in philosophischer Fachliteratur im Detail in unterschiedlichem Sinne verwendet werden, um eine Nähe, Annäherbarkeit oder Verknüpfbarkeit zweier Objekte, Eigenschaften, Begriffe oder Vorstellungen zu bezeichnen.
Kant unterscheidet „empirische Affinität“ – die Verknüpfbarkeit von Vorstellungen, welche durch eine Verknüpftheit im erscheinenden Gegenstand gegründet ist – und „transzendentale Affinität“ – die Verknüpfbarkeit von Vorstellungen, welche durch eine Einheit im Selbstbewusstsein ermöglicht und wiederum Grundlage der empirischen Affinität ist.